OBERON pre zápis účtovných údajov používa rôzne databázové systémy, nasledovný text je venovaný súborovej databáze Microsoft Access.

• Pri databáze Microsoft Access má súbor na disku počítača príponu MDB. V tomto súbore sú uložené všetky účtovné dáta, ale len jednej firmy.
• V MDB súbore sú uložené tabuľky, indexy, dotazy. Databáza sa vyznačuje vysokou odolnosťou voči poruchám ku ktorým dochádza najčastejšie pri výpadku elektrického prúdu. V programoch je zabudovaná samoopravná funkcia, ktorá ak zistí pri spúšťaní programu chybu databázy je automaticky aktivovaná.
• V odôvodnených prípadoch je možné MDB súbor otvoriť, prezerať a prípadne aj upravovať špeciálnymi programami, napr. Microsoft Access 2003 (súčasť Microsoft Office 2003). Špeciálny program na editáciu MDB súboru je aj na inštalačnom CD OBERON. Prípadné zmeny v tabuľkách však vykonávajte veľmi opatrne, najlepšie len po konzultácii s autormi programu.
• S akým súborom program pracuje je možné zistiť v ponuke Pomocník - O programe, položka Detaily. Ak účtovná jednotka spracováva viac firiem, cesty k jednotlivým firmám je možné zistiť v súbore FOLDERS.INI.
• Údaje každej účtovnej jednotky (firmy) sú uložené v samostatnom adresári.