Inštalácia certifikátu certifikačnej autority (CA) je analogická inštalácii certifikátov iných osôb. Pri inštalácii je potrebné ponechať voľbu automaticky vybrať priestor na uloženie certifikátov podľa typov. Certifikačná autorita bude v úložisku certifikátov pridaná medzi Dôveryhodné koreňové certifikačné autority, prípadne medzi Sprostredkovateľské certifikačné autority v závislosti od druhu služieb poskytovaných certifikačnou autoritou.