Systém OBERON umožňuje viesť účtovníctvo v sústave jednoduchého alebo podvojného účtovníctva. Niektoré evidencie sú spoločné pre jednoduché aj podvojné účtovníctvo (napr. Fakturácia, Hromadné účtovanie bankových výpisov, Príkazy na úhradu a pod.). Najväčší rozdiel je v tom, že jednoduché účtovníctvo obsahuje Peňažný denník a podvojné účtovníctvo Účtovný denník.

 Dôležité evidencie

• Medzi najdôležitejšie evidencie jednoduchého účtovníctva patria Peňažný denník, Kniha pohľadávok, Kniha záväzkov a pomocná Kniha evidencie DPH. V evidencii Priznania a výkazy je možné zostaviť najdôležitejšie účtovné výkazy a daňové priznania.
• Peňažný denník je základná účtovná kniha jednoduchého účtovníctva, účtujú sa v ňom všetky peňažné i nepeňažné operácie. Jednoduché účtovníctvo nepozná samostatné pomocné evidencie ako Banka alebo Pokladňa - všetky doklady sa účtujú (pridávajú) priamo do Peňažného denníka. Pomocné knihy možno zobraziť ako podmnožinu zápisov Peňažného denníka.
• V Knihe pohľadávok sa evidujú vystavené faktúry, v Knihe záväzkov došlé (prijaté) faktúry. Faktúry je možné vystavovať v prepojení so skladom, prípadne len ako neskladové.
• Kniha evidencie DPH je len pomocná kniha, automaticky sa do nej prenášajú údaje z Peňažného denníka, z Knihy pohľadávok a z Knihy záväzkov (pokiaľ majú doklady zadaný typ DPH).
• Úhrady faktúr sa zapisujú priamo do peňažného denníka, pričom účtovanie môže byť aj automatizované - týka sa to hlavne účtovania bankových výpisov a účtovania tržieb registračných pokladníc (fiškálnych tlačiarní).

Pomocné evidencie

• Medzi ďalšie evidencie účtovníctva patria Príkazy na úhradu, či Stále platby. Umožňujú vytvoriť často používané príkazy na úhradu, ktoré je možné exportovať do internetbankingu.
• Evidencia zápočtov faktúr - umožňuje vytvárať a evidovať zápočty pohľadávok a záväzkov. Špecialitou je zápočet typu Zaúčtovanie súhrnnej platby - tu ide o zaúčtovanie prijatej hromadnej platby od sprostredkovatela a úhradu vystavených faktúr jednotlivým zákazníkom. Typickým príkladom sú napr. zľavové portály, rezervačné portály ubytovania a podobne - od zákazníkov inkasujú peniaze (zákazník spravidla platí platobnou kartou), následne za nejaké obdobie zasielajú súhrnnú platbu účtovnej jednotke. Viac informácií o zápočtoch je možné získať v téme Evidencia zápočtov faktúr.
• Zaujímavým je aj prepojenie evidencie nákupu pohonných látok (PHL) (v module Vozidlá) s peňažným denníkom (pokladničnými dokladmi). Pri tvorbe knihy jázd sa používateľovi zobrazujú jednotlivé nákupy PHL, čo zásadne znižuje chybovosť zapísaných údajov. 

Medzi jednotlivými dokladmi si systém OBERON udržiava väzby - tak je možné zostaviť grafický prehľad väzieb dokladov, ktorý je zároveň aj interaktívny - jednotlivé doklady je možné ihneď zobraziť, prípadne aj upraviť.

Obrázok č. 1: Väzby dokumentov - uhradená faktúra s tromi čiastočnými úhradami